Os principais formatos para ler e publicar um eBook são o PDF, o ePub e o AZW. A diferença entre eles é bem simples.

AZW: Esse é o formato que você encontra nos eBooks disponibilizados pela Amazon. Se você tem um eReader Kindle, ou usa o aplicativo, esse é o formato que está nele.

ePub: Sendo um dos formatos mais populares, o ePub é compatível com a maioria dos eReaders, como o Kobo e o Lev, mas atenção, ele não é compatível com o Kindle!

PDF: É um formato aberto, ou seja, qualquer pessoa pode criar aplicativos compatíveis com esse padrão. Você pode utilizar ele em Tablet, eReader, celular e computador.

Você pode ler esse artigo completo que fala exatamente sobre os formatos de eBooks e opções entre eles: Onde posso ler os meus eBooks?